Program Studi Pendidikan Agama Islam dipimpin oleh Ketua Program Studi dan Sekretaris Program Studi di bawah koordinasi pimpinan STAI Al-Falah. Bersama dosen dan tenaga kependidikan, unsur prodi mengelola penyelenggaraan akademik, penjaminan mutu, dan layanan mahasiswa.
Pimpinan
Dr. KH. Nanang Naisabur, M.H.
Ketua STAI Al-Falah
Assoc. Prof. Dr. H. Fahruroji, M.Pd.
Wakil Ketua I STAI Al-Falah
Adzka Muzayyin Rahmadhya Naisabur, S.T., MBA.
Sekretaris Pimpinan STAI Al-Falah